V čase „bez štátnej príslušnosti“po smrti Ivana Hrozného s chorým a slabým Fjodorom bojari začali otvorený boj o moc. Najsilnejším z nich bol bývalý oprichnik Godunov. Po smrti Theodora patriarcha Jób zhromaždil Zemský Sobor, aby zvolil nového panovníka. V tejto katedrále sa zišla rada patriarchu, bojarská duma a služobníci a predstavitelia obchodného a priemyselného obyvateľstva Moskvy. Najpravdepodobnejšími kandidátmi boli dvaja ľudia: cárov švagor Boris Fjodorovič Godunov a bratranec cára Fiodora, najstaršieho syna Nikitu Romanoviča - Fjodor Nikitič Romanov.
Roky vlády Borisa Godunova prišli v ťažkej dobe v histórii ruského štátu. Bolo to obdobie od roku 1598 do roku 1605. V skutočnosti bol budúci cár pri moci už za chorého syna Ivana Hrozného, Fjodora.
Vláda Borisa Godunova začala nejednoznačne. Vo februári 1598 koncil ponúkol trón Borisovi, ten však odmietol. Aby súhlasil, zorganizovala sa náboženská procesia do Dievčenského kláštora, kde bol Boris u svojej sestry. Budúci kráľ bol nútený súhlasiť s nástupom na trón. Voľba Godunova bola teda populárna. Zároveň všakverilo sa, že sa tajne uchýlil k vyhrážkam a úplatkom, aby to dosiahol.
Boris sa oženil s kráľovstvom iba 1. septembra, presvedčený o sile ľudových volieb. Panovanie Borisa Godunova po celej svojej dĺžke sa vyznačovalo mimoriadnou opatrnosťou. Bál sa pokusov o jeho moc, zlikvidoval všetkých bojarov, ktorí mu boli podozriví. Jeho skutočným rivalom bol iba Fedor Nikitich Romanov, v dôsledku čoho boli všetci Romanovci postavení pred súd za obvinenia zo sprisahania proti panovníkovi. Bojari nemali cára radi a považovali ho za nástupcu Hrozného s jeho prenasledovaním šľachty.
Vláda Borisa Godunova bola pokračovaním Fjodorovej politiky, alebo skôr toho, čo Godunov robil pod ním. Všetkými prostriedkami sa snažil obnoviť blahobyt ľudí, narušený v ére Grozného. V zahraničnej politike sa snažil vyhýbať zrážkam, zdržiavať sa nových vojen. Záležalo mu na posilnení spravodlivosti, chcel byť dobrým panovníkom pre ľud. Pospolitému ľudu dal skutočne veľa výhod. Tri roky po sebe, od roku 1601, došlo k neúrode, ktorá viedla k masívnym úmrtiam od hladu. Boris zorganizoval bezplatnú distribúciu chleba hladným z kráľovskej pokladnice, postavil veľké budovy v hlavnom meste, aby ľuďom poskytol príjem.
Vládu Borisa Godunova sprevádzal hladomor, lúpeže, ale nebola to jeho chyba. To však prispelo k rastu nespokojnosti s kráľom. Po hladomore nasledovalo druhé nešťastie – ľudové povstanie samozvaného careviča Dmitrija. Počas tohto zápasu BorisGodunov nečakane zomrel (1605).
Godunov pripisoval veľký význam európskemu vzdelávaniu. Kráľ komunikoval so zahraničnými odborníkmi v oblasti techniky a medicíny, ochotne ich vzal do verejnej služby. Posielal mladých ľudí do cudzích krajín, plánoval zariadiť moskovské školy cudzím spôsobom. Sformoval vojenský oddiel Nemcov podľa cudzieho vzoru. Za Godunova bola moskovská vláda jasne pritiahnutá k užším kontaktom s osvieteným Západom a k asimilácii európskych vedomostí.
Vládu Borisa Godunova teda stručne popisuje väčšina historikov. Mnohí pochybujú o tom, ako legálne získal moc, pretože veria, že jeho dielom bola vražda najmladšieho syna Hrozných, Careviča Dmitrija, v Uglichu.
