Počas niekoľkých prvých rokov svojej existencie sa štát snažil byť uznaný za jediného nástupcu Juhoslávie, ale ostatné bývalé sovietske republiky boli proti týmto tvrdeniam. Organizácia Spojených národov zamietla žiadosť o začlenenie Juhoslávie. Nakoniec, po zosadení Slobodana Miloševiča z postu prezidenta federácie v roku 2000, krajina od týchto ašpirácií upustila a akceptovala stanovisko Badinterovho arbitrážneho výboru o spoločnom nástupníctve. Opätovne požiadal o členstvo v OSN 27. októbra a bol prijatý 1. novembra 2000.
Manuál
JZR spočiatku vládol Slobodan Miloševič ako prezident Srbska (1989-1997) a potom prezident Juhoslávie (1997-2000). Miloševič dosadil a vynútil odvolanie niekoľkých federálnych prezidentov (napríklad Dobricu Čošiča) a premiérov (napríklad Milana Paniča). Čiernohorská vláda, ktorá spočiatku Miloševiča horlivo podporovala, však začala postupnedištancovať sa od jeho politiky. To viedlo k zmene režimu v roku 1996, keď jeho bývalý spojenec Milo Đukanović zmenil svoju politiku, stal sa vodcom čiernohorskej vládnucej strany a následne odvolal bývalého čiernohorského vodcu Momira Bulatovića, ktorý zostal verný Miloševićovej vláde. Keďže od toho času bol Bulatović vymenovaný do centrálnych funkcií v Belehrade (ako federálny premiér), Đukanović naďalej vládol Čiernej Hore a ďalej ju izoloval od Srbska. Teda od roku 1996 do roku 2006 Čierna Hora a Srbsko boli nominálne jedna krajina. Riadenie vo všetkých možných politických, ekonomických a sociálnych segmentoch sa vykonávalo na miestnej úrovni, v Belehrade pre Srbsko a Podgorici pre Čiernu Horu.
Únia Srbska a Čiernej Hory
Ako voľná únia alebo konfederácia boli Srbsko a Čierna Hora zjednotené iba v určitých oblastiach, ako je obrana. Obidva zakladajúce štáty fungovali počas celého obdobia existencie Spolkovej republiky oddelene a naďalej fungovali v rámci samostatnej hospodárskej politiky, ako aj používania samostatných mien (jediným zákonným platidlom v Čiernej Hore bolo euro). 21. mája 2006 sa konalo referendum o nezávislosti Čiernej Hory, za nezávislosť sa vyslovilo 55,5 % voličov. Oficiálnym vyhlásením nezávislosti Čiernej Hory 3. júna 2006 a oficiálnym vyhlásením nezávislosti Srbska 5. júna zanikli posledné zvyšky bývalej Juhoslávie, 88 rokov po jej vzniku.júna. Po rozpade sa Srbsko stalo právnym nástupcom únie a čerstvo nezávislá Čierna Hora opäť požiadala o členstvo v medzinárodných organizáciách.
Následky katastrofy
Po rozpade Juhoslávie v 90. rokoch iba republiky Srbsko a Čierna Hora súhlasili so zachovaním juhoslovanského štátu av roku 1992 prijali novú ústavu pre novú Juhosláviu. Po páde komunizmu vo východnej Európe nasledoval nový štát vlna demokratických zmien. Upustilo od komunistických symbolov: zo štátnej vlajky bola odstránená červená hviezda a komunistický erb bol nahradený bielym dvojhlavým orlom s erbmi Srbska a Čiernej Hory vo vnútri. Nový štát tiež vytvoril jednočlenný úrad prezidenta, pôvodne menovaného so súhlasom republík Srbska a Čiernej Hory až do roku 1997, potom bol prezident demokraticky zvolený.
Vytvorenie Juhoslovanskej zväzovej republiky
S rozpadom Juhoslávie a jej inštitúcií v rokoch 1991 až 1992 vyvstala otázka jednoty dvoch republík, ktoré zostali v rozpadávajúcej sa federácii: Srbska, Čiernej Hory; ako aj územia s väčšinou Srbov v Chorvátsku a Bosne, ktoré chceli zostať jednotné. V roku 1991 sa v dôsledku diplomatických rokovaní, ktoré viedol lord Carrington so šiestimi lídrami, všetky republiky s výnimkou Srbska dohodli, že Juhoslávia sa rozpadla a každá jej autonómna časť by sa mala stať nezávislým štátom. Srbská vláda bola prekvapená a pobúrená rozhodnutím Čiernej Hory o ukončeníJuhoslávia, keďže Bulatovičova vláda bola predtým úzko spojená s Miloševičovou vládou v Srbsku. Rozpad Juhoslávie sa začal v roku 1991, keď Slovinsko, Chorvátsko a Macedónsko vyhlásili nezávislosť. Potom vznikla Juhoslovanská zväzová republika.
Tretia Juhoslávia
26. decembra 1991 sa Srbsko, Čierna Hora a srbské povstalecké územia v Chorvátsku dohodli, že vytvoria novú „tretiu Juhosláviu“. V roku 1991 boli vyvinuté snahy o začlenenie eseročky do federácie, kde prebiehajú rokovania medzi Miloševičom, Srbskou demokratickou stranou Bosny a zástancom zjednotenia Bosny, bosnianskym podpredsedom Adilom Zulfikarpasičom. Zulfikarpašić veril, že Bosna by mohla ťažiť zo spojenia so Srbskom a Čiernou Horou, preto podporoval alianciu, ktorá by zabezpečila jednotu Srbov a Bosniakov. Vlajka Juhoslovanskej zväzovej republiky sa nijako nelíšila od svojej predchodkyne.
Miloševič pokračoval v rokovaniach so Zulfikarpasičom o začlenení Bosny do novej Juhoslávie. Snahy o začlenenie celej Bosny do novej Juhoslávie však do konca roku 1991, keď Izetbegović plánoval usporiadať referendum o nezávislosti, zatiaľ čo bosnianski Srbi a bosnianski Chorváti vytvorili autonómne územia, skutočne zanikli.
Hádka medzi bratskými národmi
Od roku 1996 prvé verejné známky politických nezhôd medzi nimičasti čiernohorského a srbského vedenia. V roku 1998, keď sa čiernohorský premiér Milo Đukanović dostal do popredia v mocenskom boji s čiernohorským prezidentom Momirom Bulatovićom, republika presadzovala inú hospodársku politiku a ako menu prijala nemeckú marku. Na jeseň roku 1999, po vojne v Kosove a bombardovaní NATO, Đukanović (ktorý v súčasnosti pevne držal moc v Čiernej Hore, keďže Bulatović bol úplne zvrhnutý) pripravil návrh dokumentu s názvom Platforma za redefiniciju odnosa Crne Gorei Srbije („Platforma pre federálnu Juhoslávska republika ), požadujú zásadné zmeny v rozdelení administratívnych povinností v rámci FR Juhoslávie, hoci stále oficiálne vníma Čiernu Horu ako spoločný štát so Srbskom. Miloševič neodpovedal na platformu, pretože ju považoval za protiústavnú.
Stúpajúce napätie
Politické vzťahy vo federálnom štáte sa stávali čoraz napätejšími, najmä na pozadí vlny vrážd na vrcholných politických, kriminálnych a štátnych podnikateľov v oboch republikách (Zeljko „Arkan“Rozhnatovič, Pavle Bulatovič, Chika Petrovič a Goran Žugić) a tiež dva pokusy o život opozičného politika Vuka Draškovića. V októbri 2000 Miloševič stratil moc v Srbsku. Na rozdiel od očakávaní Đukanovićanovou reakciou na zmenu moci v Belehrade nebolo ďalšie presadzovanie agendy stanovenej v jeho „Platforme“, ale náhle začatie presadzovania úplnej nezávislosti, čímv tomto procese ho úplne zahodiť. Nasledujúce vlády Čiernej Hory presadzovali politiku nezávislosti a politické napätie so Srbskom rástlo napriek politickým zmenám v Belehrade. Všetky tieto vášne boli prirodzeným výsledkom histórie vzniku Juhoslovanskej zväzovej republiky.
Založenie konfederácie
V roku 2002 Srbsko a Čierna Hora uzavreli novú dohodu o pokračovaní spolupráce, ktorá okrem iných zmien sľubovala koniec Juhoslávie. Obe krajiny boli predtým súčasťou Zväzovej republiky Juhoslávia. Federálne zhromaždenie Juhoslávie vytvorilo 4. februára 2003 slobodný štátny zväzok alebo konfederáciu Štátny zväz Srbska a Čiernej Hory. Dosiahla sa dohoda o novej ústavnej charte, ktorá by poskytla základ pre riadenie krajiny.
Nezávislosť Čiernej Hory
V nedeľu, 21. mája 2006, Čiernohorci hlasovali v referende o nezávislosti. 55,5 % podporilo nezávislosť. Takýto počet hlasov „áno“bol potrebný na rozpustenie Juhoslávie. Účasť bola 86,3 % a platných bolo 99,73 % z viac ako 477 000 odovzdaných hlasov.
Následné vyhlásenie nezávislosti Čiernou Horou (v júni 2006) a Srbskom (5. júna) ukončilo konfederáciu Juhoslávie a tým aj posledné zvyšky federatívnej republiky.
Ekonomický rozvoj Juhoslovanskej zväzovej republiky
Štát výrazne ekonomicky utrpel kolapsom a neefektívnym riadením ekonomiky aaj predĺžené obdobie ekonomických sankcií. Začiatkom 90. rokov 20. storočia trpela JZR hyperinfláciou juhoslovanského dinára. Do polovice 90. rokov 20. storočia JZR prekonala infláciu. Ďalšie škody na juhoslovanskej infraštruktúre a priemysle spôsobené vojnou v Kosove spôsobili, že hospodárstvo zostalo len polovičné ako v roku 1990. Po zvrhnutí bývalého federálneho juhoslovanského prezidenta Slobodana Miloševiča v októbri 2000 zaviedla koaličná vláda Demokratickej opozície Srbska (DOS) stabilizačné opatrenia a pustila sa do agresívnej reformy trhu. Po obnovení členstva v Medzinárodnom menovom fonde v decembri 2000 Juhoslávia pokračovala v reintegrácii so zvyškom sveta vstupom do Svetovej banky a Európskej banky pre obnovu a rozvoj.
Za Miloševičovej éry menšia Čiernohorská republika oddelila svoju ekonomiku od federálnej kontroly a od Srbska. Následne mali obe republiky samostatné centrálne banky, kým Čierna Hora začala používať rôzne meny: najprv prijala značku Deutsch a používala ju, až kým neschátrala a nenahradila ju euro. Srbsko naďalej používalo juhoslovanský dinár a premenovalo ho na srbský dinár.
Zložitosť politických vzťahov v JZR, pomalý pokrok v privatizácii a stagnácia v európskej ekonomike poškodili ekonomiku. Dôležitými prvkami pri tvorbe politiky boli dohody s MMF, najmä požiadavky na finančnú disciplínu. Bola vážna nezamestnanosťkľúčová politická a ekonomická otázka. Korupcia je tiež hlavným problémom veľkého čierneho trhu a vysokého stupňa kriminálnej angažovanosti vo formálnej ekonomike.
